In:
Methods in Ecology and Evolution, Wiley, Vol. 13, No. 3 ( 2022-03), p. 653-667
Abstract:
استخلاص الحمض النووي من العينات البيئية و الأنسجة القديمة المعقدة غالباً ما يكون يقترن باستخلاص بعض المواد المثبطة التي تجعل إجراء المزيد من التحاليل الجزيئية صعبًا أو مستحيلًا. يحدث هذا الاستخلاص المقترن في كلٍ من بروتوكولات استخلاص الأحماض النووية القائمة على حالة الاستخلاص الصلبة أو حالة الاستخلاص السائلة العضوية. في الوقت الحالي ، يتم التغلب على هذا التثبيط إما بإضافة ألبومين المصل البقري (BSA) إلى التفاعلات الإنزيمية اللاحقة أو بتخفيف مستخلصات الحمض النووي. ولكن إضافة الـBSA تقلل التأثير المثبط لمركبات معينة فقط ، وقد يؤدي التخفيف المفرط إلى تغيير النسب الأصلية للحمض النووي. في هذه الدراسة ، نقدم طريقة جديدة مبتكرة باستخدام عديد الأكريلاميد الخطي (LPA) لترسيب وتنقية الأحماض النووية المستخرجة من العينات البيئية والأنسجة القديمة المعقدة في خطوة واحدة. تحل طريقة LPA محل خطوة الترسيب في بروتوكولات الاستخلاص التقليدية ‐ سواءً في حالة الاستخلاص الصلبة أو السائلة ‐ أو يمكن تطبيقها بسهولة كخطوة إضافية على مستخلصات الأحماض النووية الغير النقية. ولإثبات هذا المفهوم ، جربنا هذه الطريقة على عينات مومياء بشرية قديمة مختلفة (عظام وأنسجة رخوة ومحتويات معوية) من فترات زمنية مختلفة (5000 ق.م. ‐ 1800 م) ، وعينات بيئية معقدة (عينات تربة و حمأة و براز حيوانات) المعروف باحتوائها على مركبات مثبطة. تمكنا من إثبات أن مادة الـLPA ترسب الأحماض النووية في محلول الإيثانول المائي دون إضافة أملاح تشوتروبيكية chaotropic ، مما يؤدي إلى الحصول على مستخلصات أحماض نووية نقية للغاية من جميع العينات المختبرة التي أظهرت تثبيطًا باستخدام بروتوكولات الاستخراج المنشورة مسبقًا. مقارنةً بأسلوب الاستخلاص القائم على السيليكا ‐ الأكثر استخدامًا حاليًا للحمض النووي القديم والرسوبي ‐ نتج عن طريقة LPA الخاصة بنا صفات مماثلة وتركيبات شاملة للحمض النووي (من حيث المحتوى الأصلي للحمض النووي البشري والتنوع الميكروبي). وأخيراً ، تمثل طريقة LPA الخاصة بنا ‐ والتي تتميز بقدرتها العالية على التنقية ‐ بديلاً هامًا لبروتوكولات استخراج الحمض النووي شائعة الاستخدام في المجالات البيئية ومجالات الحمض النووي القديم.
Type of Medium:
Online Resource
ISSN:
2041-210X
,
2041-210X
DOI:
10.1111/2041-210X.13772
Language:
English
Publisher:
Wiley
Publication Date:
2022
detail.hit.zdb_id:
2528492-7
Bookmarklink