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Cover -- Title -- Copyright -- Dedication -- CONTENTS -- Preface -- CHAPTER 1 An Entangled Bank: Evolutionary Relationships and Ecological Patterns -- 1.1. Systematics and the Diversity of Life -- 1.2. The Origins -- 1.3. "Correcting" Ecological Comparisons -- 1.4. The Emergence of Ecophylogenetics -- 1.5. The Goal of This Book -- CHAPTER 2 Building and Using Phylogenies -- 2.1. Handling Phylogenies in R -- 2.2. Building Trees -- 2.3. Finding and Adapting Available Trees -- 2.4. Tree Scaling and Rate Smoothing -- 2.5. Conclusion
CHAPTER 3 Phylogenetic Patterns within Communities: Inferring Mechanisms of Ecological Assembly Using Phylogenetic Distances -- 3.1. Phylogenetic Distances and Community Assembly -- 3.2. Calculating Community Diversity Metrics -- 3.3. A Note about Phylodiversity Measures-Moving from the Causes to the Consequences of Diversity -- 3.4. Conclusion -- CHAPTER 4 Randomizations, Null Distributions, and Hypothesis Testing
